Es depositario de la historia e identidad cultural de Cotacachi. En sus salas se exhiben los aspectos etnográficos, arqueológicos, artesanales y musicales, elementos identitarios de la vida de este pueblo. El Museo está distribuido en cuatro áreas.
Junín se encuentra ubicado al costado de la Cordillera de Toisán, Parroquia García Moreno, en el area de amortiguamiento de la Reserva Ecológica Cotacachi-Cayapas.
La hermosa ciudad de Santa Ana de Cotacachi toma su nombre del milenario volcán Cotacachi, que forma un contraste con su paisaje original y atrayente; circundado de praderas y vergeles que hablan de las riquezas y su potencial agro-industrial.
Construida en el siglo XX; de estilo barroco neo renacentista, tiene dos cuerpos: el primero sobresalen columnas romanas que separan la puerta principal y en el segundo se destacan pilastras semejantes a las de la portada de la Compañía de Jesús.
